Dalam sejarahnya Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon (MAN 2 Banggai) didirikan pada tanggal 1 Agustus 1990 yang dilakukan oleh Kepala Seksi Pembinaan Kelembagaan Agama Islam (Kasi Binbagais) pada kantor Departemen Agama Kabupaten Banggai M.Hadju. Hi.A.Thalib atas nama Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Sulawesi Tengah, dengan Nomor Statistik Madrasah 312720112003.
Pembukaan Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon diprakarsai oleh tokoh-tokoh agama di Kecamatan Lamala yang dimotori oleh Imam Desa Eteng Alm. Hi.M.Tiro Rakka, dan mengangkat Bapak Mahyudin sebagai Kepala Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon yang pertama.
Melalui Surat Keputusan Nomor : 07/BP3-MA/X/2002, tanggal 14 Oktober 2002 Panitia Pembina Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon Kecamatan Lamala mengangkat Drs. Mawardin, NIP. 150257134 sebagai Kepala Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon, selain Drs. Mawardin dimutasikan dari Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon sebagai pengganti Bapak Mahyudin yang telah mengundurkan diri.
Dengan demikian untuk pertama kalinya Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon Kecamatan Masama dipimpin oleh Pemerintah dalam hal ini Departemen Agama.
Atas dukungan masyarakat sekitar, Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon setelah mengalami masa-masa sulit karena statusnya swasta dengan fasilitas yang sangat terbatas, maka berdasarkan Surat Kepala Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon Kecamatan Lamala Nomor : 27/MAS/DDI/8/2001, tanggal 9 Agustus 2001 yang ditujukan Kepada Kepala Kantor Departemen Agama Kabupaten Banggai, secara resmi Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon diusulkan untuk dialihkan statusnya menjadi Madrasah Aliyah Negeri Padangon Kecamatan Lamala.
Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon sejak berdirinya sudah mengalami beberapa pergantian pimpinan. Adapun Kepala Sekolah yang pernah menjabat sebagai Kepala Madrasah Aliyah Al-Ittihaad Padangon yaitu sebagai berikut :
- Mahyudin Ratotoi Tahun 1990 - 2002
- Drs. Mawardin Tahun 2002 – 2005
- Drs. Giru N. Karim Tahun 2005 – 2009
- H. Bustan Endre, S.Ag, MM Tahun 2009 Sampai Sekarang
Kondisi daerah sudah ramai dengan kultur budayanya cukup bagus digunakan sebagai salah satu sumber pembelajaran. Hambatan yang mungkin dirasakan adalah minat dan semangat belajar siswa-siswi yang rendah, indikasi ini diperoleh dari banyaknya laporan dari guru, terutama wali kelas dimana anak-anak sering tidak mengerjakan tugas Rumah, kurang perhatian saat mendapatkan nilai yang kurang dari KKM dan lain-lain. Di sisi lain mungkin hal ini terjadi karena perhatian orang tua di rumah masih kurang.
Dengan kondisi tersebut maka perlu merancang pembelajaran (RPP) maupun implementasinya dengan metode yang bervariasi, menyenangkan, pemberian reward, inovasi-inovasi pembelajaran yang menarik, disiplin yang tinggi sehingga akan dihasilkan prestasi yang diharapkan. Selain itu juga perlu mengadakan sosialisasi kemasyarakat khusunya wali murid untuk lebih memperhatikan pendidikan terhadap putra-putrinya.
Pada tahun 2018 berubah status menjadi Madrasah Negeri yaitu dengan nama MA Negeri 2 Banggai pada saat ini baru memasuki tahun kedua dari penegeriannya sehingga sarana dan prasarana yang merupakan daya dukung pengembangan Madrasah saat ini belum memadai baru memiliki 9 ruang kelas. Lahan yang dimiliki Madrasah 1646 M2. Rombongan belajar di MA Negeri 2 Banggai baru memiliki 9 Rombel dengan jumlah siswa 225 siswa dengan guru pengajar 21 orang dan didukung tenaga administrasi 5 orang.
